OS X 10.9.2のR3.1.0にrstan2.2.0を入れる

知らない人には何のこっちゃというタイトルでしょうが、端的に表現するとこうなります。

R3.1.0 Spring Danceがさる4/10に公開されて，喜び勇んでいれたはいいけど，そこそこでかいアップデートなのでパッケージの入れ直しが必要なのです。で，MCMCに必要なStanをRからあつかうrstanパッケージをインストールしよう，というところで今日は色々時間がかかってしまった。でも問題解決したので，備忘録代わりに記録しておきます。

 

まず，rstanパッケージを入れるには，普通にCRANから選んでいれるんじゃなくて、自分の環境でソースファイルからくみ上げないと行けない，というのが現状。そのうちバイナリも提供してくれるかもしれないけど，今しばらくはそうならないので，頑張っていれるしかない。ちなみに，そのために準備するものとしてC++コンパイラが必要で，マカーはXcodeとXcode  Comman Line Toolsも必要。XcodeはApp Storeから，Command Line Toolsのいれかたはこちらのサイトを参照するといいです。

当方，OS X 10.9.2，Xcodeもこないだアップデートがあって，今試した環境はXcode 5.1.1です。

インストールの詳しい方法は，Stanのホームページから Download and Get Startedへ移動して，中に書いてあるのをしっかり読んで追いかければオッケー。

なんだけど，ちょっとトラップが。これはRの方の話なんだけど，rstanにはRcppとinlineパッケージもいるので，この二つをCRANからとってこないといけない。普通にinstall.packagesで行きたいところなんだけど，実はこの後のrstanのコードをコンパイルするときにRcppの挙動が問題になるようで，Rcppパッケージもソースから，自分の環境でコンパイルしないといけない（これをせずにやるとRが飛んでいくようになってしまう）。これは多分R3.1.0とRcppパッケージの間の問題なので，そのうち解決されるようになるかも，だけど，4/16のrstanMLでのやり取りではRcppを自分でコンパイルしたらいけるぜー，としか書いてない（明確な解決法の指示がない）ので，今しばらくは従うべし。

ソースからインストールしたことなんかねえよ，という人でも(Xcode等の環境を整えた上で）R上で

install.packages("Rcpp",type="source")

とするだけだから，そんなに心配しなくていいよー（というかこの後の方が面倒だw）。

Rcpp,inlineライブラリとCコンパイラがちゃんと整っているかどうかを確認するためには，次のコードを実行すればよい（とrstanのサイトにも書いてある）。

library(inline)
library(Rcpp)
src <- '
std::vector<std::string> s;
s.push_back("hello");
s.push_back("world");
return Rcpp::wrap(s);
'
hellofun <- cxxfunction(body = src, includes = '', plugin = 'Rcpp', verbose = FALSE)
cat(hellofun(), '\n')

これでhello worldとコンソールに示されたら、準備OKってことです。

ちなみに，既にrstanパッケージがあって，書き換える・やり直す場合は，次の数行を実行しておきましょうぞ。これで取り外せますからな。

library(rstan)
set_cppo('fast')
detach("package:rstan", unload = TRUE)
remove.packages('rstan')

さて，ここからrstanパッケージを作っていきたいんだけど，環境を整えるファイル，Makevarsを”~/.R/”に作らないといけない。一般的なユーザーにとっては，不可視フォルダからテキストファイルを作らないといけないので，少しハードルが高く感じるかも。私はMagicanというmac環境を整えるアプリを愛用していて，このソフトの「パラメタ>Finder」から不可視ファイルの表示，Rootからの表示にチェックを入れて，見えないところも見えるようにし，ルートディレクトリのすぐ下に.Rフォルダ，その中にエディタmiでMakevarsファイルを作る・・・という手法でやりました。

でも，これも簡略化されたやり方があって，上のやり方がよくわかんない，という人はR上で

if (!file.exists("~/.R/Makevars")) {
cat('CXX=g++ -arch x86_64 -ftemplate-depth-256 -stdlib=libstdc++\n
CXXFLAGS="-mtune=native -O3 -Wall -pedantic -Wconversion"\n',
file="~/.R/Makevars");
} else {
file.show("~/.R/Makevars");
}

とすればいいです。これはRがその場所に設定ファイルを作るプログラムになってます。もし既にMakevarsファイルがあったら，その内容が表示される仕組み。

このファイルを作り終わったら、後は簡単で，次の二行を実行するとなにやら色々作業が始まるのでlす。

options(repos = c(getOption("repos"), rstan = "http://wiki.rstan-repo.googlecode.com/git/"))
install.packages('rstan', type = 'source')

ネットからソースコードをとってきてコンパイルするので，ネット環境は必須ね。しかも，作成にはちょっとばかり時間がかかるし，その中で合計6つぐらいの警告が赤字で出るから、大丈夫かよこれ、と思いながら進めることになります。でも，警告なので多分大丈夫で，最後に「DONE(rstan)」と出ればパッケージができたってこと！

あとは一旦Rの再起動をして，eight schoolsなどのサンプルコードを走らせてみたらいいんじゃないかな。多分，ベクトル演算で素早くなったMCMCの世界がやってきます。

ミソはRcppも自分でコンパイルする必要がある，ってところだったよ。それを知らなかったから，rstanは作れるんだけどサンプルコードを走らせている最中に飛んでいくとか，「EXPECTATION FAILURE LOCATION:」ってエラーが出て，もう何度か泣きそうになりました。

まだrstanを使ってみようと思っているMac Userは国内では少ないだろうけど，何かの足しになるかと思って記事にしました。

 

追伸　なんでrstanを入れたかというと，「ベイズ推定による多変量解析入門」ってので話す必要があって，MCMCpackだけじゃ面白くないかもな，とちょっと思ったからです。研究会の方も，よろしければご参加どうぞ。

さらに追記）2014.06.15　Ubuntu14.04に入れたい場合はこちらの記事をどうぞ。Thank you @kaztan!