とある論文をもとにして，Rで計算できるようにコードを書いているんだけど，ちゃんと書けたかどうか自信がないw
ので，恥ずかしながら著者の先生に連絡して，検算してもらえないかお願いしてみたところ，快く引き受けてくださったが，何より元のプログラムがFortranで書かれているようで，現在の環境下では動かないとのこと。で，ありがたいことに，現在お使いのMatlabでコードを書いてみましょう，とお願いしてお返事をいただいたのが八月。ありがたいことに，こちらがお渡ししたサンプルコードにくわえてMatlabのコードも送ってくださったのです。
ところが，自分の計算結果と検算する間もなく学会シーズンが始まってしまった。半月ほどあいたが，今やっと時間が取れたので検算してみた。
案の定，しょうもないミスがあり（行と列を逆にしてた），それを修正するとだいたい合うんだけど，ちょっとやっぱり違うところが出てくる。
それがまあ奇妙なもので，行列は同じ，固有値は同じなんだけど，固有ベクトルが違うというもの。これは正規化するかしないかとか，計算アルゴリズムの問題だよなあ，どうやって検算しようかと頭をひねった。
ということで，まずMatlabのクローンといわれているOctaveをインストール。これをインストールするために，MacPortsをインストールして，失敗して，探しまわったらdmgファイルが落ちていて何じゃそらってなって，という時間を過ごした後，計算してみた。確かにクローンというだけあって，Matlabのコードはほぼコピペで動く。さて固有値・固有ベクトルというところで，同様の問題が出た。固有ベクトルがちょっと合わない。何だこれ，と思ってみたら，固有値分解するプログラムがMatlab(Octave)は二種類あるんですね。
eig関数とeigs関数で，使うアルゴリズムが違うみたい。後者はスパース行列等にも対応しており，計算パッケージとしてはARPACKをベースにしているとのこと。eigs関数の方を使うと，OctaveでもMatlabと近い（それでも完全一致はしない，小数第一桁目までは合う）数値がでる。
Rは基本，eigen関数だけで，LAPACKがベースになっているようだ。そしてRでARPACKを使うにはigraphパッケージを使う必要があり，そこのARPACK関数を使うとある。ところがこのARPACK関数，正方行列を渡したら固有値分解してくれるんじゃなくて，関数の形でベクトルを預けると，一般化固有値問題を解いて指定した数の固有値を出す・・・そんな使い方をするようだ。たしかに社会ネットワークなど，粗なネットワークならそういう使い方もいいだろうけど，こちらはそういう使い方は嬉しくないわけで。
ということで，ここで手をとめることにした。数値計算科学まで首を突っ込んでいられるほど，時間がないんですよw
まあプログラムの概略はわかったし，だいたい自分が間違えてないことが理解できたからいいかな。あとは俺がMatlabを買うか，Rがもっと発展するかですね！