ちょっと体調が悪くてですね。仕事を早退して昼寝していたのです。
夕方，子どもたちの足音でが覚めて，何気なくTLを眺めていたら，このツイートを発見。
ダメ出し：マスクされるオブジェクトに注意 – 裏 RjpWiki ow.ly/gfwF4
— Yuichiro Kobayashiさん (@langstat) 12月 20, 2012
おお，俺の昨日のエントリーについての言及だ，ということで，読みましたよ。んで，間違いに気づきました。いやお恥ずかしい。
それでやり直したらうまく行ったもんだから，Rpubsのコードのほうを訂正してアップしておきます。
間違えた方のリンク（http://rpubs.com/kosugitti/3274）も残しておきますね。どういうエラーで，どう直したのか。自戒の意味も含めて。訂正前の情報を読まれた方，お詫びして訂正いたしますので，ご勘弁ください。
いやー，Rのせいにするんじゃなくて，ちゃんとエラーとかRからの返しをよく読まないといけないね。
Rはすごいというか，俺が浅はかというか。
まあなんにせよ，うまくいくようになったので嬉しいです。
ご指摘ありがとうございました。>>@langstat氏
追伸）2012/12/19付でRstudioがアップデートしてました。mirtパッケージもです。今回の訂正は，R2.15.2,Rstudio0.97.247,mirt0.4.2環境下で作っています。
追伸）mirtパッケージのconfmirt.model()関数で，カンマが含まれている複数行のモデルを書いていて，knitrするとエラーが生じるのは回避できませんでした。ので，Rpubsの方には載ってません。ご容赦ください。