rstanをWindows,Mac,Ubuntuに入れた雑感。
一番入れやすかったのはUbuntu.普段のパッケージもコンパイルしながら遣って行くことが多いからか，あっという間に終わる、ということはないんだけど，丁寧に一つ一つRcpp,inline,rstanをコンパイルして入れていく。特にエラーもないので，待っているだけでいい。g++コンパイラとの相性の良さがありがたい。(参考記事)
次に入れやすかったのはWindows.Rtoolsというソフトの追加インストールが必要で，そこにcygwinのコンパイラが入っているが，ユーザーは気にするほどでもない。インストールするときに，PATHを書き加えることを忘れずに。後はRcppやinlineをパッケージとして入れればよし。ただ，Program Filesフォルダなど，デフォルトの場所にパッケージ等を入れてしまうと，rstanのインストールのときにこける。私はCドライブ直下にmyRlibフォルダを作って回避した。後はスイスイ進みます。
Ubuntuとwindowsの場合，コンパイラがちゃんと入っているかどうかを確認するコードで，cxxfunction関数を使うところがあるけど，ここでエラーが出ることもある。そんな場合は，cppFunctionで書き直すとよい。これらの違いはよくわかってないんだけど，ここはコンパイラがあるかどうかを各にするだけのところだから，ね。（参考記事１/参考記事２)
面倒だったのがMac。コンパイラを入れるためにXcodeをインストールする必要がある。さらに，コンパイルのオプション指定等でMakevarsファイルを不可視フォルダに作る必要があり，インストール最中も公式サンプルの通りにやるとwarningが出る。このwarning，出たまま無視していてもrstanはなんとか入るんだけど，実際の計算時にちょっと挙動が怪しい。
rstan users MLの記事を参考に，Makevarsファイルを次のようにしたらエラーなくコンパイルできるようになる。
CXX=clang++ -arch x86_64 -ftemplate-depth-256 -stdlib=libstdc++ CXXFLAGS="-mtune=native -O3 -Wall -pedantic -Wconversion
g++をclang++に変えるところがミソね。関連記事は自前だけどこちら。
まあコンパイルできてしまえば，後はいいんだけどね。コンパイル後のマシン性能の比較については、別記事を立てる予定。
※ちなみに，当方メインはMac.Ubuntu,Windows8はParallels desktopで仮想環境をくんでいます。