結論から先に言うと，OS環境下によって挙動が違いますよ、って話。特にMacは不利です(´Д` )
rstanのサンプルコードで8schoolsというのがありますが，それの実行にかかる時間が実は全然違う。
Ubuntuとwindowsはいずれもmacの仮想環境上で働いているんだけど，実行結果はこんな感じ。
まずUbuntu.
4つめの鎖だけですが，瞬殺（0.04sec)。次いでWindows.
これも0.05sec。ところがMacだと
0.5sec…。いや，十分速いんですけど，10倍の違いがあるのはびっくり。
これは簡単な回帰モデルだから，ほとんど時間を感じませんけど，今個人的に書いているコードはちょい複雑。なので，Macで300秒ぐらいかかって，仕方ねえなあと思っていましたが，共同研究者がどうも結果をスイスイ出すので，？とおもって環境を変えてUbuntuにしてみたら，13secで答えが出た。コレはちょっと驚き。
多分rstanのコードがmacのコンパイラに最適化されていないんでしょうね。詳しくないのでわかりませんが。
ちなみに，結果ですが，それはそんなに心配しなくてもOKだとおもう。順にUbuntu,Windows,Macでの結果をのせます。
乱数の発生機序がちがったりするから，同じになるはずは内し，まあ少なくとも1の位のオーダーでは狂ってないし，収束の程度(Rhat)も「こっちなら収束するのに？！」なんてことはないようです（たぶん）。
絵面を見ると，Mac>Ubuntu>Winの順で美しいですが，スピードが遅すぎるのはちょっと困るなぁ。ということで、当方しばらくは仮想環境上で仕事しようと思います。
※もし壮大な勘違いかなんかで，こうすればいいんだよ，というご指摘があればお願いします。